Biologie computationnelle et Biologie de l'évolution

Equipe 7 UMR D-258, Microbes, Evolution, Phylogénie et Infection (MEPHI)
Aix-Marseille Université (AMU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)

Chefs d’équipes et membres :
  • LEVASSEUR Anthony
    Thématique #1: Biologie computationnelle
  • Pierre PONTAROTTI
    Thématique #2 : Evolution du système immunitaire et interactions Hôte-Pathogène – Site web https://sites.google.com/view/pontarotti/)
  • Laurent Abi-Rached (membres)
Membres
  • CAPUTO Aurélia
  • DELERCE Jérémy

Anthony Levasseur : nos travaux se concentrent sur la découverte et l’étude à grande échelle de la diversité génétique et fonctionnelle du règne vivant (comparaisons phylo-génomiques, évolutives et phénotypiques des espèces notamment en liaison avec le pouvoir pathogène, la résistance et le potentiel biotechnologique).

Pierre Pontarotti et Laurent Abi-Rached : Evolution du système immunitaire et interactions Hôte-Pathogène
Site web : https://sites.google.com/view/pontarotti

Thématique # 1 :  Biologie computationnelle

Etudes génomiques, évolutives et fonctionnelles des espèces microbiennes (agents infectieux, flores microbiennes, virus géants…)

Thèmes : phylogénomique, analyses NGS, métagénomique, biologie moléculaire, biotechnologie

Thématique # 2 :  Evolution du système immunitaire et interactions Hôte-Pathogène

Analyse de la diversité et de l’évolution des génomes combinant des approches in silico et expérimentales.

Top Publications

Thématique # 1 :  Biologie computationnelle

1-Bajrai LH, Mougari S, Andreani J, Baptiste E, Delerce J, Raoult D, Azhar EI, La Scola B, Levasseur A. Isolation of Yasminevirus, the first member of Klosneuvirinae isolated in coculture with Vermamoeba vermiformis, demonstrates an extended arsenal of translational apparatus components. 2020. Journal of Virology, 94(1). PMID: 31597770

2- Million M, Lagier JC, Gautret P, Colson P, Fournier PE, Amrane S, Hocquart M, Mailhe M, Esteves-Vieira V, Doudier B, Aubry C, Correard F, Giraud-Gatineau A, Roussel Y, Berenger C, Cassir N, Seng P, Zandotti C, Dhiver C, Ravaux I, Tomei C, Eldin C, Tissot-Dupont H, Honoré S, Stein A, Jacquier A, Deharo JC, Chabrière E, Levasseur A, Fenollar F, Rolain JM, Obadia Y, Brouqui P, Drancourt M, La Scola B, Parola P, Raoult D. Early treatment of COVID-19 patients with hydroxychloroquine and azithromycin: A retrospective analysis of 1061 cases in Marseille, France. 2020. Travel Med Infect Dis.101738. doi:10.1016/j.tmaid.2020.101738. PMID: 32387409.

3-Abrahão J, Silva L, Santos Silva L, Yaacoub Bou Khalil J, Rodrigues R, Arantes T, Assis F, Boratto P, Andrade M, Geessien Kroon E, Ribeiro B, Bergier I, Seligmann H, Ghigo E, Colson P, Levasseur A, Kroemer G, Raoult D, La Scola B. Tupanvirus, a tailed giant virus and distant relative of Mimiviridae, possesses the most complete translational apparatus of the virosphere. 2018. Nature Communications, 9:749. PMID: 29487281.

4- Levasseur A, Bekliz M, Chabrière E, Pontarotti P, La Scola B, Raoult D. MIMIVIRE is a defence system in mimivirus that confers resistance to virophage. Nature. 2016, 531(7593):249-52. doi: 10.1038/nature17146. PMID: 26934229.

5- Levasseur A, Andreani J, Delerce J, Bou Khalil J, Robert C, La Scola B, Raoult D. Comparison of a Modern and Fossil Pithovirus Reveals Its Genetic Conservation and Evolution. Genome Biol Evol. 2016, 8(8):2333-9. doi:10.1093/gbe/evw153. PubMed PMID: 27389688.

6- Levasseur A, Merhej V, Baptiste E, Sharma V, Pontarotti P, Raoult D. The Rhizome of Lokiarchaeota Illustrates the Mosaicity of Archaeal Genomes. Genome Biology and Evolution. 2017, 9(10):2635-2639. doi: 10.1093/gbe/evx208. PubMed PMID: 29048529.

7- Lagier JC, Khelaifia S, Alou MT, Ndongo S, Dione N, Hugon P, Caputo A, Cadoret F, Traore SI, Seck EH, Dubourg G, Durand G, Mourembou G, Guilhot E, Togo A, Bellali S, Bachar D, Cassir N, Bittar F, Delerce J, Mailhe M, Ricaboni D, Bilen M, Dangui Nieko NP, Dia Badiane NM, Valles C, Mouelhi D, Diop K, Million M, Musso D, Abrahão J, Azhar EI, Bibi F, Yasir M, Diallo A, Sokhna C, Djossou F, Vitton V, Robert C, Rolain JM, La Scola B, Fournier PE, Levasseur A, Raoult D. Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics. Nature Microbiology. 2016, 1:16203. doi: 10.1038/nmicrobiol.2016.203. PubMed PMID:27819657.

 

Thématique # 2 :  Evolution du système immunitaire et interactions Hôte-Pathogène

1-Origins of the RAG Transposome and the MHC.
Tsakou-Ngouafo L, Paganini J, Kaufman J, Pontarotti P. Trends Immunol. 2020 May 25:S1471-4906(20)30097-1.

2-Transposon molecular domestication and the evolution of the RAG recombinase.
Zhang Y, Cheng TC, Huang G, Lu Q, Surleac MD, Mandell JD, Pontarotti P, Petrescu AJ, Xu A, Xiong Y, Schatz DG.Nature. 2019 May;569(7754):79-84.

3-The functional convergence of antibiotic resistance in β-lactamases is not conferred by a simple convergent substitution of amino acid
Keshri V, Arbuckle K, Chabrol O, Rolain JM, Raoult D, Pontarotti P. Evol Appl. 2019 Jul 18;12(9):1812-1822.

4-An Integrative Database of β-Lactamase Enzymes: Sequences, Structures, Functions, and Phylogenetic Trees.
Keshri V, Diene SM, Estienne A, Dardaillon J, Chabrol O, Tichit L, Rolain JM, Raoult D, Pontarotti P. Antimicrob Agents Chemother. 2019 Apr 25;63(5):e02319-18

5-Immune diversity sheds light on missing variation in worldwide genetic diversity panels.
Abi-Rached L, Gouret P, Yeh JH, Di Cristofaro J, Pontarotti P, Picard C, Paganini J. PLoS One. 2018 Oct 26;13(10):e0206512

6-Genome-wide analysis of horizontally acquired genes in the genus Mycobacterium.
Panda A, Drancourt M, Tuller T, Pontarotti P. Sci Rep. 2018 Oct 4;8(1):14817. doi: 1

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