Collection de souches

Catalogue des souches type CSUR 2023
Pour toute question, veuillez contacter :
pierre-edouard.fournier@univ-amu.f

Collection de Souches de l’Unité des Rickettsies

Créée en 2015, la collection CSUR a pour objectif de préserver les souches bactériennes isolées dans le cadre des activités de diagnostic et du projet de recherche de l’IHU Méditerranée Infection. La collection possède une majorité de souches bactériennes d’origine humaine, cultivées à partir de prélèvements pathologiques ou de microbiote sain, notamment des souches exigeantes, jamais isolées auparavant. Forte d’une équipe de 4 membres (2 Ingénieurs, 1 Assistant Ingénieur et 1 Technicien de Laboratoire), l’objectif principal de la collection CSUR est de rassembler 10 exemplaires de chaque souche bactérienne conservée. Afin de cultiver l’ensemble des souches, possédant diverses propriétés culturelles, la collection CSUR comporte des zones de travail de Biosécurité 2 et 3, ainsi que des stations anaérobies et plusieurs milieux de culture. Les génomes de nouvelles espèces sont systématiquement séquencés au sein de la plateforme Génomique de l’IHU.

Taxonomy

La collection CSUR regroupe une grande diversité bactérienne répartie dans les clades taxonomiques les plus importants.
Parmi ces espèces, une large gamme de bactéries du microbiote digestif humain, ainsi que des agents pathogènes spécifiques et exigeants appartenant aux genres Treponema, Coxiella, Bartonella et Rickettsia.
La collection CSUR possède également une variété de Mycobactéries (pathogènes ou environnementales).
De plus, une collection de levures et de champignons commence à se constituer.

Key numbers

A ce jour, la collection CSUR possède plus de 15 000 références réparties sur 3 000 espèces différentes. Dont 800 souches bactériennes isolées pour la 1ère fois au laboratoire IHU Méditerranée Infection, 500 souches de Rickettsia, 1 000 de Bartonella et 1 000 de Coxiella.
Pour la collection Fungi, la collection CSUR regroupe aujourd’hui plus de 300 références (dont levures et champignons filamenteux).

Nagoya protocol

Le Protocole de Nagoya sur l’accès aux ressources génétiques et le partage juste et équitable des avantages découlant de leur utilisation au regard de la Convention sur la diversité biologique, également connu sous le nom de Protocole de Nagoya sur l’accès et le partage des avantages (ABS) est un accord sur la biodiversité internationale.
Il a été adopté lors de la dixième réunion de la Conférence des Parties sur la diversité biologique des Nations Unies, le 29 octobre 2010, à Nagoya, au Japon, et mis en œuvre le 12 octobre 2014.
La collection CSUR s’inscrit dans ce protocole pour ses souches bactériennes provenant des pays signataires et possède l’accord de l’autorité pour conserver et formaliser ces souches en cas de besoin et s’y conforme strictement.

https://www.cbd.int/abs/