Le développement de la surveillance épidémiologique des maladies infectieuses et de la recherche en épidémiologie est l’un des objectifs de l’IHU Méditerranée Infection, qui comprend notamment l’introduction de nouveaux outils de détection des infections.

Depuis 2002, l’institut s’est ainsi doté de 5 outils de surveillance épidémiologiques (4 en France et 1 au Sénégal):

  • EPIMIC(EPIdemiological surveillance and alert based on MICrobiological data) 14: il est le premier système de surveillance épidémiologique de l’IHU. Depuis sa création en 2002, ce système analyse chaque semaine les données de microbiologie clinique produites par l’Assistance Publique-Hôpitaux de Marseille (AP-HM). Entre Novembre 2002 et Octobre 2013, EPIMIC a ainsi permis la surveillance de 293 items incluant notamment 86 agents pathogènes et 39 profils de résistance aux antibiotiques. Au total, 1 390 689 échantillons biologiques ont été analysés par le système et 172 180 d’entre eux ont été identifiés comme positifs pour un agent pathogène. Parmi les pathogènes les plus fréquemment identifiés se retrouvent le virus respiratoire syncytial pour les prélèvements respiratoires (4 939 échantillons positifs), Escherichia coli pour les infections urinaires (42 874 souches), le rotavirus pour les échantillons de selles (2 464 échantillons positifs), les Staphylocoques à coagulase-négative pour les hémocultures (7 006 souches) et les enterovirus pour les liquides céphalo-rachidiens (922 échantillons positifs). Cette surveillance a permis l’identification de plusieurs évènements épidémiologiques dont certains ont donné lieu à des publications scientifiques 1-7,9,10,13. Depuis, EPIMIC a été mis en place dans deux groupements de village au Sénégal 27.
  • BALYSES (the Bacterial real-time Laboratory-based Surveillance System) 11: cet outil a été développé pour surveiller l’évolution du nombre de patients infectés/colonisés par plus de 600 espèces bactériennes sur la base des données de microbiologie clinique produites en routine par l’AP-HM. Entre Mai 2013 et Juin 2014, le système a généré 21 alarmes (6 confirmées après investigations complémentaires et 15 non confirmées). Ces alarmes ont conduit à l’émission de 5 rapports officiels à l’Agence Régionale de la Santé (ARS) de la région Provence-Alpes-Côte d’Azur (PACA). Depuis, d’autres alarmes ont été émises, donnant lieu à d’autres rapports officiels à l’ARS, et certaines ont donné lieu à des publications scientifiques 15,16,18,22,25,28,29,31.
  • MARSS (the Marseille Antibiotic Resistance Surveillance System) 11: ce système de surveillance est entièrement dédié à la surveillance de la résistance bactérienne aux antibiotiques (59 profils de résistance aux antibiotiques suivis chez 15 espèces bactériennes d’intérêt clinique particulier) sur la base des données de microbiologie clinique produites en routine par l’AP-HM. Entre Mai 2013 et Juin 2014, le système a généré 31 alarmes (16 confirmées après investigations complémentaires et 15 non confirmées). Ces alarmes ont conduit à l’émission de 15 rapports officiels à l’ARS de la région PACA. Depuis, d’autres alarmes ont été émises, donnant lieu à d’autres rapports officiels à l’ARS, et certaines ont donné lieu à des publications scientifiques 12,21,24,33.
  • PACASurvE (the PACA Surveillance Epidemiological System) 30: pour faire simple, ce système de surveillance est le « grand frère » de BALYSES. En effet, bien qu’ayant été développé après, ce système assure la surveillance du nombre de patients infectés/colonisés par plus de 600 espèces bactériennes en utilisant les données de microbiologie produites par près de 300 laboratoires privés et publics de la région PACA 30.
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  2. Colson P, et al. (2016) Primo-infections VIH 2014-2015 en PACA. 36ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse.
  3. Huart M, et al. (2016a) Épidémiologie d’Aerococcus urinae au sein d’un système de surveillance hebdomadaire des infections bactériennes fondé sur 212 laboratoires publics et privés réalisant des analyses de microbiologie en région Provence-Alpes-Côte d’Azur. 36ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse.
  4. Abat C, et al. (2016) Real-time surveillance of bacteria and antibiotic resistance over 15 months using BALYSES and MARSS surveillance systems, Marseille, France. Poster affiché lors du 26ième congrès annuel de l’European Society of Clinical Microbiology and Infectious Diseases.
  5. Huart M, et al. (2016b) Diversité des 673 espèces bactériennes isolées au sein d’un système de surveillance hebdomadaire des infections bactériennes fondé sur 212 laboratoires publics et privés réalisant des analyses de microbiologie en région Provence-Alpes-Côte d’Azur. 36ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse.
  6. Diallo O, et al. (2017) Augmentation des infections à Enterococcus avium et Enterococcus gallinarum, Provence-Alpes-Côte-D’Azur. 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse.
  7. Dieng T, et al. (2017) Top 15 de 272647 isolats cliniques bactériens de 292 laboratoires, PACA. Poster affiché lors du RICAI, Paris, France. 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse.
  8. Edouard S, et al. (2017) Surveillance des infections sexuellement transmissibles par un réseau de laboratoires, Provence-Alpes-Côte-d’Azur. 37ème Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti-Infectieuse.

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