Biologie computationnelle et Biologie de l'évolution

Equipe 7 UMR D-258, Microbes, Evolution, Phylogénie et Infection (MEPHI)
Aix-Marseille Université (AMU), Institut de Recherche pour le Développement (IRD)

Chefs d’équipes :
  • LEVASSEUR Anthony
    (Thématique # 1: Biologie computationnelle)
  • Pierre PONTAROTTI et Laurent ABI-RACHED
    (Thématique # 2: Immunogénétique et Interactions Hôte-Pathogène)
Membres
  • BAPTISTE Emeline
  • CAPUTO Aurélia
  • DELERCE Jérémy

Anthony Levasseur : nos travaux se concentrent sur la découverte et l’étude à grande échelle de la diversité génétique et fonctionnelle du règne vivant (comparaisons phylo-génomiques, évolutives et phénotypiques des espèces notamment en liaison avec le pouvoir pathogène, la résistance et le potentiel biotechnologique).

Pierre Pontarotti : Etude de l’évolution du Système Immunitaire et Role des Transposons dans l’évolution de la diversité du vivant.

Laurent Abi-Rached : Etude de l’évolution du Système Immunitaire et des Interactions Hôtes-Pathogènes.

Thématique # 1 :  Biologie computationnelle

Etudes génomiques, évolutives et fonctionnelles des espèces microbiennes (agents infectieux, flores microbiennes, virus géants…)

Thèmes : phylogénomique, analyses NGS, métagénomique, biologie moléculaire, biotechnologie

Thématique # 2 :  Immunogénétique et Interactions Hôte-Pathogène

Analyse de la diversité et de l’évolution des génomes combinant des approches in silico et expérimentales.

Top Publications

Thématique # 1 :  Biologie computationnelle

1- Levasseur A, Bekliz M, Chabrière E, Pontarotti P, La Scola B, Raoult D. MIMIVIRE is a defence system in mimivirus that confers resistance to virophage. Nature. 2016, 531(7593):249-52. doi: 10.1038/nature17146. Epub 2016 Feb 29. PubMed PMID: 26934229.

2- Levasseur A, Andreani J, Delerce J, Bou Khalil J, Robert C, La Scola B, Raoult D. Comparison of a Modern and Fossil Pithovirus Reveals Its Genetic Conservation and Evolution. Genome Biol Evol. 2016, 8(8):2333-9. doi:10.1093/gbe/evw153. PubMed PMID: 27389688; PubMed Central PMCID: PMC5010891.

3- Levasseur A, Merhej V, Baptiste E, Sharma V, Pontarotti P, Raoult D. The Rhizome of Lokiarchaeota Illustrates the Mosaicity of Archaeal Genomes. Genome Biology and Evolution. 2017, 9(10):2635-2639. doi: 10.1093/gbe/evx208. PubMed PMID: 29048529; PubMed Central PMCID: PMC5737619.

4- Lagier JC, Khelaifia S, Alou MT, Ndongo S, Dione N, Hugon P, Caputo A, Cadoret F, Traore SI, Seck EH, Dubourg G, Durand G, Mourembou G, Guilhot E, Togo A, Bellali S, Bachar D, Cassir N, Bittar F, Delerce J, Mailhe M, Ricaboni D, Bilen M, Dangui Nieko NP, Dia Badiane NM, Valles C, Mouelhi D, Diop K, Million M, Musso D, Abrahão J, Azhar EI, Bibi F, Yasir M, Diallo A, Sokhna C, Djossou F, Vitton V, Robert C, Rolain JM, La Scola B, Fournier PE, Levasseur A, Raoult D. Culture of previously uncultured members of the human gut microbiota by culturomics. Nature Microbiology. 2016, 1:16203. doi: 10.1038/nmicrobiol.2016.203. PubMed PMID:27819657.

Thématique # 2 :  Immunogénétique et Interactions Hôte-Pathogène

  1. Morales Poole JR, Paganini J, Pontarotti P. Convergent evolution of the adaptive immune response in jawed vertebrates and cyclostomes: An evolutionary biology approach based study. Dev Comp Immunol. 2017 Oct;75:120-126.
  2. Abi-Rached L, Gouret P, Yeh J-H, Di Cristofaro J, Pontarotti P, Picard C, Paganini J. Immune diversity sheds light on missing variation in worldwide genetic diversity panels. PLoS One. 2018, in press.

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