Projet financé avec le concours de l’Union européenne avec le Fonds Européen de Développement Régional
Nous demandons la création d’une plateforme mutualisée dans l’IHU méditerranée infection afin de servir de support pour accroitre l’activité de recherche de l’IHU dans les domaines d’activité Stratégique « Santé et Alimentation » et dans l’axe de spécialisation « amélioration de la prise en charge du patient, développement de produit ou service relatif au dépistage précoce, au diagnostic médical et au développement de dispositif médicaux. Cette plateforme mutualisée se divise en 4 actions :
– Création d’une plateforme mutualisée de recherche clinique et en soin infirmier (A1),
– Renforcement et mise à niveau :
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- de la plateforme protéomique (A2)
- de la plateforme de séquençage haut débit (SHD) (A3)
- de la plateforme de microscopie électronique (A4).
Objectifs :
Créer de toute pièce une plateforme de recherche clinique et en soins infirmiers sur la contagion, unique en France et en Europe, qui équipée de la technologie la plus moderne de traçabilité des soins permettra de développer et de valider scientifiquement les inventions et innovations technologiques diverses permettant de lutter contre la contagion. Elle permettra en outre de former les soignants à la recherche ouvrant vers de nouveaux métiers de soignant/chercheur , et pourra être valorisée par la commercialisation des dispositifs médicaux innovants qu’elle aura permis de mettre au point.
Renforcer nos plateformes protéomiques de séquençage à haut débit et de microscopie électronique par l’acquisition de matériel nouveau pour nous permettre de répondre a une demande croissante et de suivre les avancées technologiques dans le domaine de la protéomique , de la microscopie électronique et du séquençage haut débit (SHD). En effet pour ce dernier il est important de se disposer des dernières technologies pour mettre en œuvre le remplacement progressif du séquençage traditionnel (dit Sanger) dans tous les secteurs techniques; aujourd’hui le SHD est en routine pour tout ce qui est travail sur les souches alors qu’il reste encore à optimiser dans les applications directes à partir du prélèvement clinique.
L’Equipement du plateau de recherche avec les outils de traçabilité
L’IHU Méditerranée Infection comporte un hôpital de recherche dont l’objet principal est l’étude de la contagion. Plus particulièrement, l’hôpital de recherche qui comporte 3 unités d’hospitalisation conventionnelle de 25 lits chacune, un hôpital du jour et un service de consultations, est équipé d’un système de traçabilité des parcours de soins de l’ensemble du personnel soignant afin de comprendre les voies de transmission des microorganismes infectieux à l’intérieur des services d’hospitalisation. Une première série d’équipements reposant de façon exclusive sur la technologie RFID, avait été acquise dans le cadre d’un précédent financement ; de sorte que dans le cadre du FEDER PRIMMI, le même fournisseur MediHandTrace qui atteste des mêmes éléments d’exclusivité a été retenu afin d’obtenir une homogénéité et une compatibilité du système de traçabilité et la possibilité de back-up en cas de défaillance d’une partie des équipements précédemment achetés.
Le système de stockage et de visualisation
La plateforme d’analyse des protéines de l’IHU doit rester une de plus performantes d’Europe renouvelant régulièrement les instruments dont elle dispose pour détecter, et caractériser de façon précise les molécules constituant les microorganismes d’intérêt ainsi que les molécules synthétisées et excrétées par les microorganismes d’intérêt. Dans ce sens, la plateforme protéomique s’est équipée d’un système Waters qui à notre connaissance est le seul présentant au moment de son achat les caractéristiques correspondant à notre cahier de charges, plus particulièrement, les caractéristiques analytiques de sensibilité de précision et de gamme de molécules détectables.
La spectrométrie de masse
La plateforme protéomique de l’IHU Méditerranée infection doit rester une des plus compétitives d’Europe dans le domaine de la microbiologie et dans ce sens cette plateforme dispose d’un parc de spectromètres qui ont été acquis auprès de la société Bruker. Afin de garder l’homogénéité du parc permettant de mutualiser les technologies et plus particulièrement les logiciels permettant de traiter les informations issues des spectromètres ; et afin de réaliser un back-up immédiatement opérationnel en cas de défaillance d’un des instruments, la plateforme de protéomique a acquis un nouveau spectromètre auprès du même fournisseur Bruker. Une des perspectives est bien entendu de diminuer les coûts d’exploitation de l’ensemble du parc de spectromètres.
Acquisition du dispositif IN-SITU PRO VSI complet
La plateforme de microscopie haut-débit de l’IHU Méditerranée infection est une de cinq plateformes mondiales réalisant en routine l’acquisition d’image de tissus, cellules, et microorganismes d’intérêt. Dans ce cadre, cette plateforme a acquis un système de visualisation de l’ADN et ARN au sein des organismes vivants (bactéries, virus, amibes, cellules, organismes modèles) et tissus d’intérêt, ainsi que des échantillons d’environnement et les échantillons cliniques d’intérêt. Cet équipement de très haut niveau technologique est le seul qui permettait de répondre aux cahiers de charges de cette activité très spécifique.
Acquisition de séquenceur d’acides nucléiques haut-débit
La plateforme de séquençage de l’IHU Méditerranée infection est une de 5 plateformes mondiales les plus performantes dans le domaine de la microbiologie médicale. Dans ce cadre il est engagé dans une politique de renouvellement régulier du parc des instruments permettant de maintenir le niveau de prestation de séquençage et la qualité des séquences ; et d’optimiser dans le sens d’une plus grande rapidité des protocoles de séquençage. La plateforme étant auparavant équipée d’instruments Life Technology, souhaitait conserver l’homogénéité de son parc des séquenceurs afin d’assurer le back-up en cas de défaillance d’un instrument ; d’avoir une homogénéité des logiciels de traitement des informations ce qui correspond actuellement au goulot d’étranglement en matière de rapidité du travail et donc a acquis 2 séquenceurs chez la société Life Technologie.
