La plateforme protéomique et d’analyses séparatives de l’IHU Méditerranée Infection se dote d’un ensemble LC-MS/MS de dernière génération haute résolution avec mobilité ionique : le TimsTOF HT LC-MS System de la société Bruker.
Ces équipements ont été acquis grâce au cofinancement du FEDER (Fonds européen de développement régional) et du CPER (Contrat de plan État-Région) dans le cadre du projet IHUPERF 3 – plateforme protéomique.
Objectifs du projet IHUPERF 3
La protéomique joue un rôle central voire révolutionnaire dans la compréhension de la structure de nouveaux microorganismes identifiés par culturomique (projet IHUPERF-2), dans le suivi de la mise en place de nouvelles thérapies médicamenteuses alors que se développent des résistances aux antibiotiques et pour identifier des marqueurs protéiques pouvant être associés au dépistage de maladies.
Ainsi, l’objectif final du projet IHUPERF-3 est de faire de la plateforme protéomique et d’analyses séparatives de l’IHU Méditerranée Infection une des plus performantes en France.
Cet équipement exceptionnel va permettre d’atteindre plusieurs objectifs clés pour notre institut :
- Une amélioration notable de la production de protéines recombinantes afin de soutenir l’activité importante de protéomique de l’IHU Méditerranée Infection ;
- Un saut qualitatif et quantitatif dans la caractérisation des protéines et le criblage des molécules et l’investigation des interactions protéines-protéines ;
- Le développement des activités de métabolomique et de lipidomique de la plateforme ;
- L’ouverture des équipements à des collaborations au sein de l’IHU Méditerranée Infection et à l’extérieur : notamment avec des sociétés spécialisées en biotechnologies et nos partenaires académiques ;
- L’application graduelle de cette technologie à différents projets de recherche en microbiologie dans différents contextes de recherche.
En termes d’impact et de visibilité pour l’IHU-MI
Grâce à la conjonction entre la stratégie d’ouverture de l’IHU-MI auprès de nouveaux partenaires et le saut technologique rendu possible grâce au projet IHUPERF-3, le principal résultat attendu à l’issu de ces trois phases par la Fondation est un choc d’attractivité auprès de différents acteurs :
- Auprès des acteurs sociaux-économiques, en créant les conditions pour favoriser les collaborations avec les entreprises du diagnostic, des biotechnologies et des medtechs ;
- Auprès des partenaires académiques, en initiant de nouvelles collaborations avec des champs scientifiques connexes à l’infectiologie ou ayant besoin de technologies présentent à l’IHU.
Présentation des équipements
Un couplage composé de la chromatographie à nano-débit nanoelute 2 et d’un spectromètre de masse haute résolution à mobilité ionique timstof HT de la société Bruker permet de caractériser les protéines produites ou de cribler diverses familles de molécules dans les organismes biologiques étudiés, quels qu’ils soient. Il s’agit d’un équipement de dernière génération, venu remplacer un système vieillissant et obsolète.
D’autres solutions technologiques viennent compléter cet ensemble, notamment pour automatiser la préparation des échantillons et envisager l’analyse de larges cohortes. Ce dispositif permet ainsi d’augmenter significativement les débits d’analyse, tout en améliorant la profondeur d’exploration du protéome, grâce à une sensibilité encore jamais atteinte.
Par ailleurs, d’autres fonctionnalités permettront d’élargir nos capacités d’analyse à diverses familles de molécules telles que les sucres (glycomique), les lipides (lipidomique) et les métabolites (métabolomique). Il s’agit d’une technologie encore peu présente dans la région SUD.
Enfin, de nouveaux équipements viendront compléter la plateforme d’ici la fin de l’été 2026, notamment une chromatographie de purification avec collecteur de fractions.
Remerciements aux cofinanceurs
Le projet IHUPERF-3 est le troisième volet du projet global IHUPERF – Performance des plateformes communes de recherche de l’IHU Méditerranée Infection qui est soutenu aussi par l’Union Européenne à travers le Fonds européen de développement régional, la Région Sud Provence-Alpes-Côte d’Azur, l’Etat, la Métropole Aix-Marseille-Provence, le Département des Bouches-du-Rhône et la Ville de Marseille.
Nous tenons à exprimer notre gratitude à l’ensemble de nos cofinanceurs.
