En plus du financement de l’État, obtenu suite à l’appel d’offre du grand emprunt, ce projet est basé sur des crédits multiples, pour la plupart des partenaires institutionnels, dont l’Assistance Publique (AP-HM), Aix-Marseille Université, l’Institut de Recherche pour le Développement (IRD, dont le siège est à Marseille qui comporte 3 unités mixtes), l’INSERM, le CNRS, l’École des Hautes Études en Santé Publique (EHESP) et l’Établissement Français du Sang (EFS), le Service de Santé des Armées (SSA), les CHU de Montpellier, Nîmes, Nice, ainsi que les Universités de Montpellier 1 et Montpellier 2, et de Nice-Sophia-Antipolis.

Des partenaires privés font également partie du projet parmi les plus grandes industries nationales dans le domaine des maladies infectieuses et de la microbiologie (Institut Mérieux, Sanofi Aventis, Cerba European Lab, IRT Lyon, Qiagen) mais aussi des entreprises locorégionales  (Galderma, Consortium MediHandtrace, I2a) ainsi que le Crédit Coopératif, qui soutenait déjà la Fondation Infectiopôle Sud, et la Caisse d’Epargne.

Un tour de table est en cours avec les collectivités territoriales, parmi lesquelles la Mairie de Marseillele Conseil Général des Bouches-du-Rhône et le Conseil Régional Provence-Alpes-Côte-d’Azur, qui soutenait déjà la Fondation Infectiopôle Sud, sont en cours d’engagement. 

Un partenariat avec le plus grand armateur français CMA-CGM est également en projet dans le cadre de la médecine des voyages, qui sont souvent infectieuses, et peuvent être contagieuses.

Deux projets dans l’IHU sont financés avec le concours de l’Union Européenne avec le Fonds Européen de Développement Régional 2014-2020 : Bioteka et PRIMMI.

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